Vihulaisten kurittamiseen Batmanilla on ensinnäkin käytössään yksinkertaisia liikkeitä, kuten hyökkäys ja vastahyökkäys, jotka on määritetty tiettyihin langattoman ohjaimen näppäimiin. Taistelun alkaessa pelaajaa kannustetaan sulavaan toimintaan pelin Freeflow-taistelujärjestelmällä, jonka avulla voi ketjuttaa liikkeitä saumattomasti yhteen näppäinpainalluksilla tai lisätä mausteeksi maahankaatoja, heittoja ja tyrmäyksiä. Uskomattoman toimiva, intuitiivinen taistelujärjestelmä on yhtä nautintoa. Niin parkkiintuneet veteraanit kuin uudet tulokkaatkin pääsevät Batmanin taistelutunnelmiin sisään muutamassa minuutissa.
Mitä enemmän liikkeitä ketjuttaa yhteen, sitä enemmän ropisee pisteitä, ja yhteenlasketulla pistesaldolla voi ostaa päivityksiä, kuten uusia panssareita, tupla-Batarangeja, räjähteitä, kehittyneitä maahankaatoja ja tehokkaampia liikkeitä. Päivitykset kehittävät Batmania yhä paremmaksi rikoksentorjujaksi ja valmistavat lopulliseen kohtaamiseen maanisen Jokerin kanssa.
Pelkät taistelutaidot eivät kuitenkaan riitä Arkhamissa, vaan myös johtolankojen bongaaminen ja seuraaminen on olennainen osa pelin kulkua. Rikospaikoilta on etsittävä todistusaineistoa, kuten alkoholia ilmassa tai tupakan jäänteitä, ja näiden vihjeiden perusteella on seurattava vihollisen tai kidnapatun liittolaisen jälkiä läpi Arkhamin käytävien, ilmastointikanavien ja rakennusten.
