はるか遠い未来。超能力ホルモンが人間の脳内で発見され、人類が超感覚的な力を得たことにより、世界は変化していた。
人類がこの新しい時代を迎えていた頃、「怪異」という突然変異体が人間の脳を捕食するため空から飛来した。彼らは従来の攻撃方法と防御に対し高い耐性を持っていたため、この圧倒的な驚異と戦い人類を守るために究極の手段を取る必要があった。
急発達した超感覚的な能力、サイオニックは天上から襲来する猛攻撃に対抗する賭けだった。今日まで、人々はサイオニックとその能力を探し求め、人類の最後の砦である怪異討伐軍(OSF)へと勧誘してきた。
OSFの新人ユイト・スメラギとなり、子供の頃に自分を救ってくれたようなエリートサイオニックを目指そう。さあ、『SCARLET NEXUS』で念力を武器に ニューヒムカを探索し、テクノロジーと超能力との間に囚われたブレインパンクの未来、その謎を解き明かそう。