Shin Megami Tensei V: Vengeance biedt twee volledige verhaallijnen: het nieuwe 'Canon of Vengeance', een dramatisch verhaal over wraak, en het originele 'Canon of Creation', een eeuwig conflict tussen engelen en demonen waarin het hoofdpersonage vecht voor het lot van de wereld.
Op weg naar huis wordt de hoofdrolspeler omgeleid vanwege de plaats delict van een moord, maar tijdens zijn omweg raakt hij bewusteloos en begraven. Hij ontwaakt in een nieuw Tokio, een woestenij die verwoest is door een apocalyps die nu Da'at heet. Voordat bloeddorstige demonen hem kunnen doden, duikt er een redder op. De twee komen samen om een machtig wezen te vormen: een Nahobino.
Met nieuwe krachten moet de hoofdrolspeler een eigen pad vormen in dit raadselachtige rijk vol mythische goden en demonische tirannen.
