Shinobido 2: Revenge of Zen encuentra la región de Utakata poseída por una cruenta guerra civil. Los jugadores se pondrán en el lugar de Zen, traicionado por sus compañeros y dejado en la calle. Salvado por el clan ninja Asuka, Zen elige vivir la vida de un ninja y se propone buscar a quienes lo traicionaron, sin que nada lo detenga para desatar el impacto total de su silenciosa y mortal venganza. Zen usará su perfeccionada técnica ninja para vencer a los enemigos con el asesinato, una destreza singular que permite a los jugadores eliminar silenciosamente a la oposición con matanzas deleitables. Usando la exclusiva pantalla y el panel táctil, los jugadores podrán imitar las acciones de los ninjas, tales como arrojar shurikens y apuntar a puntos de agarre.