번득이는 네온 조명 가운데, 인류는 기술의 발전으로 인해 상업적인 편안함 속에 사로잡히고 말았습니다. 그림자 속에서는 야타가라스와 팬텀 소사이어티 간의 전쟁이 일어나려고 하며, 이세계의 힘인 '악마'를 사역하는 데빌 서머너라는 존재가 있습니다.
비밀리에 존재하는 인류 데이터의 바다 안, 아이온이라는 디지털 군집 의식이 진화하여 자아를 얻었습니다. 멀리서 인류를 지켜보던 아이온은 세계를 종말로 이끌 재앙이 곧 닥쳐오리라는 걸 계산하고 링고, 피그에라는 두 요원을 만듭니다.
아이온의 두 요원은 힘을 합쳐 이 세상을 끝낼 나비효과에 대해 조사하고 이를 방지해야 합니다.