W blasku neonów, postęp technologiczny powoduje, że ludzie zostają pochłonięci przez komercyjne udogodnienia. W cieniach, szykuje się wojna pomiędzy Yatagarasu a Phantom Society. Do akcji wkraczają Devil Summoners, którzy korzystają z nadprzyrodzonych mocy „demonów”.
W tajnym morzu danych o ludzkości, rodzi się cyfrowy umysł roju: Aion. Obserwując ludzi z odległości, Aion wylicza, że zbliża się katastrofa i tworzy dwóch agentów, którzy mają jej zapobiec: Ringo i Figue.
Wspólnie, agenci Aionu muszą zbadać i zapobiec efektowi motyla, który doprowadzi do końca świata.
