Shin Megami Tensei V: Vengeance are două noi fire de poveste: noul „Canon of Vengeance”, o poveste dramatică despre răzbunare, și firul original, „Canon of Creation”, despre eternul conflict între îngeri și demoni, în care protagonistul luptă pentru a salva lumea.
În drum spre casă, în oralul Tokyo al zilelor noastre, protagonistul trebuie să ocolească un loc al crimei, în drum spre casă. Ocolul îl lasă îngropat și inconștient. Se trezește într-un Tokyo nou: o pustietate, un peisaj al distrugerii, care acum se numește Da'at. Este salvat înainte ca demonii sângeroși să-l poată omorî. Salvatul și salvatorul se unesc și devin o ființă puternică: un Nahobino.
Cu noile sale puteri, protagonistul să-și găsească calea pe acest tărâm enigmatic, plin de zeități mitice și tirani demonici.