Kena is nu een ervaren Spirit Guide. Ze reist naar het mysterieuze eiland Kosmora, op zoek naar antwoorden over de kwaal die haar plaagt sinds haar jeugd.
Daar ontdekt ze een gevaarlijke en vergeten vorm van Spirit Guiding die gebruikmaakt van de elementen. Met de hulp de element-vaardigheden van haar nieuwe Spirit Companions lost ze puzzels op en vecht ze tegen angstaanjagende vijanden.
De eeuwenoude tempels zullen de geheimen over Kosmora's verleden alleen prijsgeven als Kena al haar moed verzamelt en al haar vaardigheden inzet. Kena moet met haar bondgenoten samenwerken om het land te zuiveren van een krachtig kwaad.
Kena moet haar eigen verleden onder ogen zien als ze de waarheid wil ontrafelen. Alleen dan kan ze het eiland en de bewoners beschermen.