好評を博した『Ghost of Tsushima』から約300年後。『Ghost of Yōtei』(ゴースト・オブ・ヨウテイ)では1603年に時代を変え、新たな伝説を紡ぐのは復讐に取りつかれた孤独な武芸者 篤(あつ)。幼き頃に家族を殺された篤は、仇敵を討つべく、厳しい大自然が広がる蝦夷地を旅する。
家族の死から16年が経ち、故郷の蝦夷地へと戻ってきた篤は、憎き「羊蹄六人衆」を追って未開の地へと足を踏み入れる。
しかしその旅路は、予期せぬ方向へ。新たな仲間との思いがけない出会い、そして築かれる深い絆。復讐の果てに篤は何を見るのか。