A Shin Megami Tensei V: Vengeance két teljes történetet foglal magába: a Canon of Vengeance a bosszú drámai meséje, az eredeti Canon of Creation pedig az állandó ellentétet mutatja be az angyalok és démonok között, ahol a hős a világ sorsáért küzd.
Amikor egy gyilkossági helyszínelés napjaink Tokiójában elzárja főhősünk hazavezető útját, a kerülő során elveszíti eszméletét. Egy új Tokióban ébred fel, amely posztapokaliptikus pusztasággá vált, és Da’at néven ismert. Mielőtt vérszomjas démonok végeznének vele, egy megmentő érkezik – kettejük egyesülve nagy hatalmú lényt, egy nahobinót hívnak életre.
Újonnan felfedezett erejének birtokában a főhősnek meg kell találnia saját útját a rejtélyes birodalomban, amely misztikus istenségek és zsarnoki démonok otthona.