Ghost of Yōtei präsentiert ein eigenständiges Spielerlebnis, das 300 Jahre nach den Ereignissen des von der Kritik gefeierten Ghost of Tsushima im ländlichen Japan des 17. Jahrhunderts angesiedelt ist. Die Geschichte folgt einer von ihrer Vergangenheit heimgesuchten, einsamen Söldnerin namens Atsu. Auf Rache sinnend durchstreift sie die wunderschönen, rauen Landschaften des nördlichen Japans und jagt jene, die ihre Familie vor vielen Jahren getötet haben.
Sechzehn Jahre nach dem Tod ihrer Familie führt Atsus Reise durch Ezo sie in unerforschte Gebiete, auf der Suche nach einer Bande von sechs Gesetzlosen. Doch sie findet weit mehr als nur Rache.
Auf ihrer Reise wird Atsu auf unerwartete Verbündete stoßen und stärkere Bindungen knüpfen, als sie es sich je hätte vorstellen können.