Tre år efter begivenhederne i Yakuza 5 drømmer Kazuma Kiryu, Dojimas drage, om at leve et stille liv langt fra sin voldelige fortid.

Freden må dog vente, for Kiryu opdager, at hans gamle ledsager Haruka ligger i koma efter en uopklaret ulykke og at hendes unge søn Haruto er efterladt alene.

Påtag dig atter rollen som Kazuma Kiryu, og rejs til Onomichi i Hiroshima for at afdække sandheden om Harukas mystiske ulykke og konfrontere en ny og dødbringende Yakuza-trussel.

Seriens karakteristiske beat 'em up-action blandet med hverdags-minispil og dramatisk kriminaldrama fortsætter legenden om Dojimas drage.